Những năm đầu tiên

Đội bóng được thành lập bởi các sinh viên vào năm 1903 trong thị trấn Žižkov (từ năm 1922 trở đi là một phần của Praha).[1] Lúc bấy giờ các sinh viên đã chọn màu áo đỏ pha trắng trên áo phông làm màu của họ nhằm tôn vinh các màu trên Quốc kỳ Bohemia.[2] Những màu như thế vẫn còn cho đến ngày nay. Thành công của Viktoria rơi vào giai đoạn giữa hai cuộc thế chiến — đến năm 1948 đây là câu lạc bộ giàu thành tích thứ ba của Tiệp Khắc, vô địch quốc gia Tiệp Khắc vào năm 1928 và cán đích ở vị trí á quân năm 1929. Đội bóng đã vô địch Cúp bóng đá Tiệp Khắc vào các năm 1913, 1914, 1916, 1921, 1929, 1933 và 1940, đồng thời nắm giữ ngôi á quân ở các năm 1919 và 1920.

Thời hậu chiến

Sau khi Chiến tranh thế giới thứ hai khép lại và khởi đầu chủ nghĩa cộng sản vào năm 1948, câu lạc bộ phải xuống chơi ở những hạng đấu thập hơn và không quay trở lại hạng đấu cao nhất cho đến năm 1993. Ở thập niên 1950 đội bóng trải qua nhiều lần đổi tên và đội đã bị mất các tên lịch sử Viktoria; Sokol (1950), Sokol ČSAD (1951) trong thời gian ngắn, để rồi sau khi sáp nhập với Avia Čakovice đội bóng được gọi là TJ Slavoj Žižkov - cái tên gắn bó đến năm 1965 khi cái tên gốc được đặt lại.

Các thập niên 1990 và 2000

Năm 1993 Viktoria được thăng hạng lên hạng đấu cao nhất do hệ quả từ vụ việc Tiệp Khắc bị chia cắt và các câu lạc bộ của Slovakia đã ly khai để lập nên giải đấu riêng. Viktoria thi đấu rất thành công từ 1993 đến 2003, tranh tài tại 4 giải cúp châu Âu. Žižkov đã vô địch cúp quốc gia lần thứ 8 vào năm 1994 và cán đích ở vị trí á quân vào năm 1995.

Năm 2001 Viktoria Žižkov giành chức vô địch thứ 9 trong lịch sử sau khi loại đội bóng Rangers của Scotland khỏi Cúp UEFA vào năm 2002, họ đi tiếp nhờ luật bàn thắng trên sân khách ghi sau hiệp phụ tại Ibrox.[3] Đội bóng kết thúc ở vị trí thứ 3 ở giải vô địch quốc trong hai mùa bóng 2002 và 2003.

Năm 2004, sau một loạt kết quả thi đấu nghèo nàn và bê bối tham nhũng, đội đã bị giáng hạng xuỗng chơi ở giải hạng hai. Năm 2007 đội bóng quay trở lại thành công giải quốc gia, với thành vô địch giải hạng 2. Sau khi cán đích ở giữa bảng xếp hạng ở mùa giải đầu tiên sau khi trở lại hạng đấu cao nhất, năm 2009 đội lại bị giáng xuống giải hạng hai bởi phong độ phập phù suốt mùa giải, để rồi lại quay lại con đường thăng hạng từ giải hạng 2 lên giải quốc gia với vị trí á quân sau đó 2 mùa giải (2011).